试管婴儿技术被评为20世纪改变人类生活的重大科学技术发明之一。尽管备受争议，但争论大多集中在伦理层面，而对技术本身的安全性并不太引人注目。

近年来的研究表明，除了父母双方遗传因素外，试管受精和其他辅助生育技术也可能增加婴儿患自闭症、癌症、脑瘫、智力障碍等疾病的风险。以往，科学家们认为这些疾病主要源于父母遗传，比如糖尿病和高血压可能会对胎儿造成伤害。

据2006年7月一份英国伦敦某医院的报告显示，自闭症在一般人群中的患病率为0.39%，而试管婴儿患病的风险则高达1.56%，是普通人的4倍。此外，白血病和脑肿瘤的患病可能性也远高于一般人。

注意力不集中和多动症等小问题在试管婴儿中的发病率比普通婴儿高出40％，同时对听觉和视觉的影响发病率高出2倍。研究显示，通过生育治疗诞生的孩子有30％以上的机会入住新生儿重症监护病房，并在医院住院3天或更长时间。研究人员强调这些数字反映了相对的危险性。

瑞典乌普萨拉市的儿童医院斯特龙伯格博士和他的团队发现，试管婴儿更容易出现神经问题，尤其是脑瘫。通过对比发现，与普通婴儿相比，试管婴儿患脑瘫的数量要高出一倍以上。斯特龙伯格博士认为，这些结果与试管受精的可能性很大有关。

最新研究发现，与自然分娩的孩子相比，试管婴儿的身体状况较差。芬兰国家卫生福利研究中心的研究人员发现，试管婴儿在童年时期的整体健康状况令人担忧，各种疾病的发病率相对较高。而且，试管婴儿数量的增加与某些儿童疾病的发病率上升密切相关。

美国加利福尼亚大学旧金山分校的研究人员玛丽·克劳盖恩对2000名原本不孕的孕妇和2000名自然怀孕的孕妇进行了跟踪比较研究。她的研究发现，经过技术手段辅助怀孕的孕妇存在更多早产、痉挛、难产和剖腹产等并发症。此外，这些孩子出生时的体重也比自然怀孕的婴儿要轻20%以上。

在2006年的美国生殖医学学会年会上，克劳盖恩提到了一个事实：接受生育治疗的不育夫妇所生育的孩子通常会很健康。然而，即使父母存在一些风险因素，孩子也有可能出生不太健康。