女性生殖器疱疹的症状主要表现在外部生殖器区域，病情发展后可能导致低热、寒颤、腹痛、厌恶，腹股沟淋巴结肿大，宫颈炎和子宫炎。当病毒向尿道和膀胱扩散时，病人可能会经历排尿困难、尿频、尿痛以及慢性尿潴留等症状。此外，女性生殖器疱疹还常伴随其他全身不适症状，如发热、头痛、颈部强直、膜炎和骶神经系统功能不全等。如果病毒感染到口唇区域，可能会引起口唇疱疹。如果孕妇感染疱疹病毒，胎盘会使胎儿感染，造成小头畸形、先天性心脏病、肢体不完整、小眼畸形等病症。对于新生儿来说，如果在临产前感染了疱疹，胎儿很容易并发脑炎。总的来说，性传播疾病对于女性的危害要比男性更为严重。

HSV-1的感染主要发生在皮肤和粘膜的交界处，例如嘴唇、唇缘和鼻孔等部位。最初会出现一种烧灼感和轻微的痒感，偶尔会伴随神经痛的症状。接着会出现红斑，红斑上会迅速形成簇状的丘疹，这些丘疹会迅速变成小米或绿豆大小的水泡。水泡的内容物是清澈的，当水泡破裂后会形成溃烂的表面，并且几天后会结痂。全身症状包括盲目的烧灼痒感、偶尔疲劳、不适和轻微发热等。治愈后可能会暂时留下色素平静。整个过程大约需要1-2周的时间。

HSV-2主要感染发生于生殖器部位。患者最初会感到一种灼热感，在红斑出现后不久，就会迅速出现一大批小水泡。男性的包皮、龟头、冠状沟和阴茎等部位都比较容易出现此类症状，有时甚至会出现在尿道。女性则常见在阴唇、阴蒂、阴道、宫颈等部位。水泡可能会逐渐转化为脓包，在大约6天之后破裂，并形成溃疡或者浅溃疡，引起强烈的疼痛。患者可能出现尿道炎，导致排尿困难。大部分人都会出现腹股沟淋巴结的肿胀和疼痛，而部分患者可能还会出现发热、肌肉酸痛和脑膜炎等症状。当宫颈发生溃疡坏死时，可能会导致阴道分泌物增多，并出现下腹痛的症状。需要注意是否患有宫颈癌。在怀孕期间，如果出现生殖器疱疹，可能会增加流产、早产或死胎的风险，并导致新生儿感染和出现新生儿单纯疱疹的情况。这种疾病一般情况下需要大约3周左右才能恢复，但常常会在初次出疹后的2到5个月内再次复发。这种病比原发者轻微，大小范围较小，仅限于生殖器部位。有时只会有1~2个疱疹出现，病程也比较短暂，通常只持续6~10天。

男性生殖器疱疹常出现在龟头、冠状沟、尿道口、阴茎、阴囊、大腿和手臂等部位。大部分男性患者会出现双侧腹股沟淋巴结肿大。生殖器疱疹的临床表现可以分为原发性和复发性。原发性指的是首次感染病毒，一般从接触到出现症状需要约2~10天的潜伏期。患病部位会感觉到灼热感，然后迅速出现3~10个成群的红色丘疹。伴有瘙痒感，红色丘疹很快会变成小水疱，3~5天后会变成脓包，脓包破裂后形成大面积的溃疡。溃疡会非常疼痛，最终结痂愈合。整个过程通常需要约20天左右。

男性常见的炎症部位有龟头、冠状沟、尿道口、阴茎、阴囊、大腿和手臂。当炎症晚期波及到尿道和膀胱时，可能会遭受排尿困难、尿痛、尿频和严重的尿潴留。此外，还可能会出现发热、全身不适、头痛、颈项强硬、脑膜炎和骶骨神经系统功能不全等症状。