男童小便尿痛的原因可能包括以下几种情况：

1. 尿路感染：这是导致尿痛最常见的原因之一。细菌感染尿道、膀胱，甚至是肾脏，都会引起疼痛、尿频、尿急等症状。

2. 尿道炎：尿道内的炎症可能是由细菌、病毒或其他病原体引起的。尿道炎会导致小便时的刺痛或灼热感。

3. 膀胱炎：膀胱内膜的感染和炎症会引起尿痛，通常伴随尿频、尿急和下腹部疼痛。

4. 泌尿系统结石：泌尿系统的结石，如肾结石或膀胱结石，在排尿时通过尿道时会引起剧烈的疼痛。

5. 包茎或包皮炎：包茎（包皮无法完全回缩）或包皮炎（包皮感染和炎症）也可能导致尿痛。

6. 外伤或刺激：尿道口或周围皮肤的外伤、擦伤、过度清洁或使用刺激性清洁产品都可能导致尿痛。

7. 其他感染：例如由寄生虫或真菌引起的感染，也可能导致尿痛。

针对上述可能的原因，建议及时就医，通过详细的病史询问、体格检查及必要的尿液分析、尿培养等检查，明确诊断并进行相应的治疗。家长应注意男童的个人卫生，避免使用刺激性清洁产品，预防泌尿系统感染。