11岁男孩尿不干净的原因可能有多种，以下是一些常见的原因：

1. 泌尿系统感染：泌尿系统感染是导致尿不干净的常见原因。感染会引起膀胱或尿道的炎症，导致排尿不畅、尿频和尿急等症状。

2. 尿道狭窄：尿道狭窄是由于尿道部分变窄，导致尿液排出困难。这可能是先天性问题或因感染、外伤等原因引起。

3. 膀胱功能障碍：一些男孩可能存在膀胱功能障碍，如膀胱过度活跃或膀胱收缩无力，这会导致排尿不完全。

4. 前列腺问题：尽管前列腺问题在儿童中少见，但某些情况下如前列腺炎等也可能导致类似症状。

5. 神经系统问题：神经系统疾病，如脊髓损伤或发育异常，可能影响膀胱和尿道的神经控制，导致尿液排空不完全。

6. 不良排尿习惯：一些儿童可能因为排尿习惯不好，如排尿时间过短或过于匆忙，导致尿液未完全排空。

7. 解剖异常：先天性解剖结构异常，如尿道瓣膜等，也可能导致排尿不畅。

若11岁男孩出现尿不干净的情况，建议及时就医，由医生进行详细检查和诊断，确定具体原因并给予适当治疗。医生可能会进行尿液分析、超声波检查或其他影像学检查，以了解泌尿系统的状况。治疗方案取决于具体原因，可能包括抗生素治疗、手术干预或行为矫正等。